Župnijska cerkev sv. Marjete se prvič omenja okrog leta 1118, medtem ko se v listini z datumom 16. december 1257 nahaja zaznamek cerkve kot vodiške fare.
Omembe kraja Vodice segajo v 13. stoletje. Naselja v občini se prvič omenjajo po sledečem vrstnem redu: Repnje leta 1154, Utik leta 1178 in Šinkov Turn leta 1353.
Nekoč taborska cerkev sv. Tilna leži na griču jugozahodno pod Repenjskim hribom. Prvi zapisi o njej segajo v leto 1476. Do leta 1886 je bilo na tem mestu tudi visoko obzidje, ki je danes ohranjeno le delno z okroglim stolpom. Prvotna cerkev sv. Tilna ni stala na današnjem mestu, temveč nekoliko nižje.
Poznogotska cerkev sv. Štefana nad vasjo Utik je bila zgrajena konec 15. stoletja.
Cerkev Matere božje, ki se prvič omenja leta 1526, stoji na razgledni točki v zahodnem delu kraja Šinkov Turn. Sedanja stavba je iz 18. stoletja.
Kužno znamenje med Skaručno in Povodjem je bilo po nekaterih podatkih zgrajeno leta 1668. Celotno znamenje je iz peščenca. Na okroglem podstavku stoji okrogel steber, ki nosi trioglato kapelico s polkrožnimi odprtinami, v katerih so sledovi slik. Kapelica ima nizko piramidasto streho in na njej masiven dvokratni križ. V širši okolici je le malo tako zanimivih znamenj kot je slednje.
Leta 1726 je župnikovanje v Vodicah prevzel Joe Gregor Watsching, ki je v času svojega službovanja prezidal vse cerkve na svojem območju v baročnem stilu.
Leta 1731 so podrli staro cerkev sv. Tilna ter nekoliko višje zgradili današnjo, v kateri je še vedno ohranjen glavni oltar iz 18. stoletja, več kipov iz 17. stoletja v stranskih oltarjih in kipec iz prvotne cerkve.
Cerkev sv. Lucije na Skaručni je bila sezidana med leti 1662 in 1665. Leta 1744 je bila na novo zgrajena v baročnem slogu. Leta 1748 je cerkev poslikal France Jelovšek, ki je izdeloval baročne freske, oltarne slike in portrete. V tej cerkvi je bil med duhovniki tudi stric Franceta Prešerna.
Sedanja župnijska cerkev sv. Nikolaja v Zapogah je bila sezidana leta 1739. Glavni oltar je leta 1845 naredil Matej Tomc, ki velja za enega najboljših slovenskih rezbarskih oblikovalcev 19. stoletja.
V Repnjah se leta 1780 rodil jezikoslovec Jernej Kopitar, ki sodi med najpomembnejše slovenske jezikoslovce in vodilne osebnosti na kulturnem področju tistega časa. Med drugim velja za ustanovitelja znanstvene slavistike, saj je veliko truda vložil v čiščenje jezika germanizmov, sestavljanje šolskih učbenikov, zbiranje besed in reformiranje črkopisa.
Leta 1815 so podrli grad Reitelstein v Repnjah. Ostanke gradu, ki zajemajo podboje in obok za vezna vrata ter kamnito klop pred hišo, najdemo v Tavčarjevi hiši v Lokarjih. Iz razvalin tega gradu so si kamenje vzidale skoraj vse hiše v Repnjah.
Leta 1842 se je na Skaručni rodil Jakob Aleševec, slovenski pisatelj, dramatik, satirik, pripovednik in novinar, ki je znan tudi kot pisec prvih slovenskih kriminalk.
Leta 1849 se je na Skaručni rodil Franc Hubad, pedagoški delavec, narodopisni in mladinski pisatelj.
Leta 1854 je bila ustanovljena šola v Vodicah. Pouk je bil v mežnariji do leta 1898, ko je bilo zgrajeno šolsko poslopje.
Leta 1870 je bil v Repnjah zgrajen neoromanski grad. Graščino je gospa Katarina Sporen podarila šolskim sestram skupaj s cerkvijo in šolo. Sestre so v samostanu ustanovile enorazrednico za deklice, ki je danes znan po gospodinjskih tečajih za dekleta in žene.
Leta 1871 so podrli taborsko obzidje okrog cerkve sv. Marjete v Vodicah. Baročna cerkev se je ohranila vse do leta 1895, ko jo je potres tako poškodoval, da so jo morali porušiti.
V zapisih Franca Trosta iz leta 1887 je omenjeno, da so se Vodice prvotno imenovale Sveta Marjeta v gozdu. V svojih opisih šolske občine Vodice je pisal tudi o številnih gobah v teh krajih, ki so jih revni ljudje nabirali in prodajali v Ljubljani.
Leta 1903 je bilo ustanovljeno gasilsko društvo v Vodicah.
V Repnjah se je leta 1906 rodil literarni zgodovinar Fran Petre, ki je igral pomembno vlogo pri krepitvi južnoslovanskih stikov – Makedoncem je predstavil dela Prešerna, Cankarja in Župančiča ter za Slovence pripravil antologijo makedonske poezije.
Leta 1911 je bila ustanovljena mlekarska zadruga Vodice.
Leta 1913 so Vodice daleč naokoli slovele zaradi Vodiške Johance in njenih čudežev, ki je poskrbela za veliko senzacijo, saj naj bi videla čudežni kip, ki toči krvave solze. Verniki so trumoma romali v Vodice, da bi na lastne oči videli čudež, a je po razkrinkanju Johanca postala žrtev mnogih zasmehovanj.
Vodice so znane tudi po prestah, ki jih pri Jagodicu pečejo že od leta 1932.
Leta 1932 so dobili prvo elektrarno v Lokarjih, kjer je delovala opekarna.
V dolini Strahovica so okoli leta 1955 zgradili smučarsko skakalnico, ki je imela kritično točko pri 35 metrih.
Leta 1962 je bila zgrajena nova stavba šolskega poslopja, istega leta je bil narejen tudi vodovod.
Leta 1995 sta Krajevna skupnost Bukovica–Šinkov Turn in Krajevna skupnost Vodice postali samostojna občina Vodice.
